جمعیت فدائیان اسلام با صدور اعلامیه موسوم به «دین و انتقام» و همزمان با ترور کسروی در سال ۱۳۲۴ شمسی اعلام موجودیت کرد. در بخشی از این اعلامیه آمده است: «ما زندهایم و خدای منتقم، بیدار. خونهای بیچارگان از سرانگشت خودخواهان شهوتران که هر یک به نام و رنگی پشت پردههای سیاه و سنگرهای ظلم و خیانت و دزدی خزیدهاند، سالیان درازی است فرو میریزد و گاه دست انتقام الهی هر یک از اینان را به جای خویش میسپارد و دیگر یارانش عبرت نمیگیرند.[۱]
انتشار کتابهای کسروی خصوصا کتاب شیعهگری وی که اعتقادات شیعه را به چالش کشیده بود، موجی از نگرانی در میان حوزههای علمیه و مردم متدین به وجود آورد. نواب صفوی که مشغول تحصیل در حوزه علمیه نجف بود، کتابهای کسروی را مطالعه میکند و غیرت دینی وی به خروش آمده، با مشورت بعضی از علمای نجف عازم ایران میشود. بر اساس برخی منابع، ۱۳ دینار از مخارج سفر او را سید اسدالله مدنی، دو دینار آیتالله خوئی و پنجاه تومان را هم یکی از علمای عالیمقام نجف پرداخت کردند.[۲]
نواب پس از ورود به ایران و سخنرانی در آبادان عازم تهران میشود و پس از چند بار مباحثه باکسروی به این نتیجه میرسد که کسروی حاضر به پذیرش اشتباههای خود نیست. از این رو تصمیم میگیرد کسروی را از میان بردارد. کسروی به جرم سوزاندن و پارهکردن قرآن و ادعیه، توهین به پیامبر(ص)، جسارت به امام صادق(ع)، تأسیس مذهبی به نام پاکدینی و ادعای برانگیختگی (پیغمبری)، توسط سید حسین امامی در اردیبهشت ۱۳۲۴ش کشته میشود.[۳]
قتل کسروی موجب خرسندی و حمایت عموم مردم و علما شد. همزمان با قتل کسروی، آیت الله حسین قمی ضمن تلگراف فوری، آزادی متهمان را درخواست کرد. او در تلگراف خود نوشته بود: «آقای رئیس الوزرا طول توقیف متهمین به قتل کسروی موجب بسی نگرانی، انتظار استخلاص فوری آنها را داریم.»[۴] سید حسین قمی در پاسخ به سوال فرستاده دولت ایران درباره دستور قتل کسروی گفت: «عمل آنها مانند نماز از ضروریات بوده و احتیاجی به فتوا نداشته، زیرا کسی که به پیغمبر و ائمه جسارت و هتاکی کند، قتلش واجب و خونش هدر است.»[۵] در این مقطع زمانی، حاج آقا حسین قمی پس از رحلت سید ابوالحسن اصفهانیو تا زمان درگذشت خود، مرجعیت تامه را به مدت سه ماه به عهده داشت.[۶] بعد از قتل کسروی، فدائیان محبوبیت و شهرت خاصی پیدا کردند. نواب نیز با سفر به شهرهای مختلف و ایراد سخنرانیهای پرحرارت، مردم را به مبارزه با مظاهر بیدینی فرا میخواند.
شاه اعلام کرد انتخابات دوره شانزدهم مجلس آزاد خواهد بود، از این رو آیت الله سید ابوالقاسم کاشانی از نواب خواست تا در انتخابات از دکتر مصدق، مظفر بقایی، علی شایگان، حائریزاده، نریمان، حسین مکی، عبدالقدیر آزاد و... حمایت کند.[۸] اما هژیر که در سمت وزیر دربار فعالیت میکرد، در صدد بود از ورود مخالفان به مجلس جلوگیری کند. فدائیان تظاهراتی برپا کردند، آنها در شال سبزی قرآن بزرگی را پیچیده بودند و به طرف میدان بهارستان حرکت میکردند که نیروهای انتظامی به دستور هژیر به روی مردم آتش گشودند و عدهای را مجروح ساختند. انتخابات مجلس برگزار شد و در کمال ناباوری افراد مورد نظر دربار با تقلب، آرا را کسب کردند. دکتر مصدق به همراه تعدادی در دربار متحصن شدند، اما نتیجهای نگرفتند. فدائیان که ماجرا را دنبال میکردند، به این نتیجه رسیدند که عامل اینگونه اعمال باید از سر راه برداشته شود. از این رو هژیر در ۱۳ آبان آن سال توسط سید حسین امامی کشته شد. با مرگ هژیر، رژیم پس از چند روز انتخابات تهران را ابطال کرد. از سوی دیگر سید حسین امامی در ۱۷ آبان به شهادت رسید.
فدائیان علت کشتن هژیر را اینگونه توضیح میدهند: «دفاع از ضروریات و مسلمات دین مقدس اسلام است و ضروریات احکامی را گویند که احتیاج به تقلید نداشته باشند، دفاع در برابر هجوم به مال و جان و دین و ناموس بر مسلمانان واجب است، از دیرباز به مال و جان و ناموس و دین مسلمانان از طرف کفار و اجانب هجوم شده است و هجوم به مال با دست بردن به معادن زیرزمینی و... شروع گردید،و هجوم به جان با کشتن رجال مسلمانان و آزاده پایه گذاری شده است و هجوم به دین و ناموس مسلملنان هم با تعطیلی عمده احکام و دستورات اسلام یعنی با کنار گذاردن قوانین اجتماعی و قضایی وسیاسی و اقتصادی اسلام و وضع قانون در برابر آن به عمل آمده است در این هجوم برخی از کارگردانان مملکت آلت بیگانه، قرار گرفته و سپر کفار شدند و چون آلت اجرا شدهاند باید با دفع آنها هجوم را دفع کرد.»[۹]
در جریان تشییع رضاخان در قم فدائیان فعالیت گستردهای را انجام دادند و با آگاه کردن طلاب از شرکت آنها در تشییع دیکتاتور سابق جلوگیری کردند سید مرتضی برقعی از وعاظ قم قرار بود در مجلس ختم رضا خان سخنرانی کند فدائیان با ارسال نامهای به وی اعلام کردند اگر در مجلس ختم رضاخان پلید این مرد جهنمی منبر رفتی شکمت را پاره میکنیم.[۱۰]
در حالی که تلاش اقلیت مجلس وآیت الله کاشانی برای ملی کردن صنعت نفت ادامه داشت رزم آرا نخست وزیر شد وی در صدد بود تا از ملی شدن صنعت نفت جلوگیری کند و معتقد بود ایرانی لیاقت لولهنگ (آفتابه) ساختن را ندارد چگونه میخواهد صنایع نفت را اداره کند[۱۱]افکار عمومی جامعه و فضای مجلس برای ملی شدن نفت خود را آماده میکرد اما مخالفت رزم آرا مانع بزرگ تلقی میشد، از اینرو جبهه ملی سراغ نواب میرود و از ایشان میخواهد با یک اقدام انقلابی رزم آرا را ازمیان بردارد نواب بشرط اجرای احکام اسلامی آنرا میپذیرد[۱۲]ملّیون نیز قول میدهند در صورت بدست آوردن قدرت خواستههای نواب را عملی سازند.
طهماسبی از اعضای فدائیان بدلیل اعتقادات شخصی با کاشانی تماس گرفت و حکم قتل رزم آرا، را سوال کرد،کاشانی، رزم آرا را مفسد دانست و قتل وی را لازم[۱۳] طهماسبی با کسب مجوز شرعی در روز شانزده اسفند رزم آرا را بقتل رساند مجلس شورای ملی یک هفته بعد دراسفند ۱۳۲۹ طرح ملی شدن صنعت نفت را تصویب کرد و مجلس سنا نیز یک هفته بعد مورد تایید قرار دادند[۱۴] پس از قتل رزم آرا حسین علاء نخست وزیر شد ودر ۲۹ اسفند حکومت نظامی اعلام کرد هدف از آن دستگیری فدائیان بود، بسیاری از فدائیان دسگیر شدند اما نواب با نقل مکان موفق شد از دست ماموران فرار کند.
حکومت علاء در اردیبهشت ۱۳۳۰ سقوط کرد و دکتر مصدق جانشین علاء شد فدائیان که دولت مصدق را حاصل زحمات خود میدانستند انتظار داشتند یاران آنها از زندان آزاد کند و طبق پیمان به اجرای احکام اسلامی بپردازد، نه تنها چنین پنداری غلط بود بلکه پیگیریهای شهربانی نشان داد که دولت جدید نیز با جدیت بدنبال دستگیری نواب است دولت مصدق پس از مدتی نواب را دسگیر کرد که اوج اختلافات این دو گروه بود. البته اختلافات و شکاف در این گروهها قابل پیش بینی بود زیرا اهداف هر گروه متفاوت بود فدائیان اسلام برای اجرای احکام اسلامی وبرقراری حکومت اسلامی میجنگیدند، کاشانی برای بیرون راندن انگلیس مبارزه میکرد و جبهه ملی برای برقراری حکومت لیبرال[۱۵] از سوی دیگر هیچکدام حاضر نبودند در اهداف خود کوچکترین انعطافی داشته باشند. تلاشها برای آزادی زندانیان بجایی نبرد، فدائیان به این نتیجه رسیدند که دکتر فاطمی ریشه فساد جبهه ملی است، وی نزدیکترین فرد و مشاور اصلی دکتر مصدق بود.
برای ترور فاطمی محمد مهدی عبدخدایی که در آن زمان نوجوانی پانزده ساله بود انتخاب شد، وی در این مورد میگوید: مرحوم واحدی در حدود یک ساعت با من صحبت کرد صحبتش هم پیرامون این مساله بود که مزدوران رژیم شاه به اسلام هجوم آودهاند و دفعشان لازم است، مرا آماده شهادت کرد و گفت: آیا آماده شهادت هستی؟ گفتم: بله، بعد برای من توضیح داد که رابطه بین دربار و مصدق آقای دکتر فاطمی است و تمام مسائل را حسین فاطمی هماهنگ میکند و اگر فاطمی از بین برود اختلاف شاه و مصدق قطعا به زودی ظهور میکند باید دکتر فاطمی از بین برود تا این اختلاف بوجود بیاید تا طهماسبی و نواب صفوی آزاد شود و مبارزه تداوم پیدا کند[۱۶] حسین فاطمی در حالی که بمناسبت سالگرد قتل محمد مسعود بر سر مزار وی مشغول سخنرانی بود توسط عبدخدایی مضروب شد اما فاطمی زخمی شده و پس از مدتی بهبود یافت.
بدرفتاری جبهه ملی با فدائیان موجب ذهنیت منفی آنان نسبت به آیت الله کاشانی شد لذا در برخی از سخنرانیها و اعلامیهها سخت به ایشان حمله کردند، نواب در نامهای که بهآیتالله مرعشی نوشت: کاشانی و جبهه ملی را در یک ردیف قرار داد و افزود: کاشانی و جبهه ملی پس از فداکاریهای مسلمانان به جای مبانی اسلام خواستند با قدرت مسلمانان پایههای کفر و آزادیخواهی را بجای پایههای اسلام مستحکم کنند و برادران ما را برای همین به زندان انداختند[۱۷] این برداشت از عملکرد کاشانی نادرست بود زیرا خود شخص کاشانی پس از مدتی کنار گذاشته شده بود و گوش شنوایی برای شنیدن حرفهای وی وجود نداشت دکتر سنجانی خود میگوید که کاشانی از وزیر دادگستری خواست تا فدائیان را که گرفتار شده بودند آزاد کند[۱۸] اما مصدق مخالف بود، از سوی دیگر طرح عفو و آزادی خلیل طهماسبی توسط کاشانی ارائه شده بود که موجب آزادی طهماسبی شد. مصدق پس از مدتی برای کاهش فشارها تصمیم گرفت نواب را آزاد کند، نواب نیز پس از آزادی تا کوتای ۲۸مرداد یک دوره سکوت را پشت سر گذاشت و عمدتا به کارهای تبلیغی و مذهبی مشغول بود.
پس از جنگ جهانی دوم بین دو قدرت پیروز یعنی آمریکا و شوروی رقابتهای سیاسی که به جنگ سرد مشهور شد شدت یافت، جنگ سرد باعث به وجود آمدن بلوکها و پیمانهای نظامی گردید، یکی از این پیمانها پیمان بغداد بود که در سال ۱۹۹۵ با تشویق آمریکا و انگلیس بین عراق و ترکیه منعقد گردید،هدف ایجاد یک سیتم دفاعی در مقابل شوروی بود، [[انگلستان[[، [[پاکستان[[ و [[ایران[[ در همان سال رسما به پیمان پیوستند،آمریکا نیز بعنوان عضو ناظر در اجلاسیهها این سازمان شرکت میکرد، فدائیان با عضویت ایران در این سازمان مخالفت کرده و هنگامی که با بیاعتنایی دولت مواجه شدند تصمیم گرفتند نخست وزیر حسین علاء را از میان بردارند. نواب معتقد بود قبول این پیمان به معنی حضور و رواج فرهنگی آمریکا در کشور اسلامی ایران است و این عمل محاربه با خدا و اسلام است، حرب مستقیم با یک ملت مسلمان است، اینجا دیگر دفاع واجب است به هر قیمتی شده نباید بگذاریم این پیمان منعقد شود علاء چون در نوک پیکان تهاجم به اسلام و قرآن و ملت مسلمان ایران قرار گرفته است مهدورالدم است.